Virkon S löses i vatten enligt doseringsanvisningen och sprutas ut med ryggspruta, högtryckstvätt med lågt tryck eller annan lämplig utrustning. Vid användning av högtryckstvätt med injektor måste denna kunna ställas in på minst 12% men helst 20%, annars måste brukslösningen blandas i kar eller tunna och sugas upp direkt med tvättaggregatet.
Åtgång vid stalldesinfektion är 0,2–0,3 lit/m² behandlad yta, vid användning av 1 %-ig brukslösning.
I pulverform är Virkon S irriterande på hud och ögon. Använd skyddshandskar vid tillredning av brukslösning. I upplöst form, vid sporadisk användning, behövs ingen skyddsutrustning, men användning av handskar rekommenderas som vid allt våtarbete där kemikalier används.